Le monde des humains et le monde des mutants ont subi de douloureuses pertes. Il a fallu plusieurs mois pour qu’ils se remettent de leurs blessures. Durant ces quelques mois, des événements se sont produits.
Tous les mutants ayant pris de gré ou de force l’antidote retrouvent leurs pouvoirs. Ce qui permit l’évasion de Mystique et de Magnéto.
La femme bleue ne rejoindra pas son ancien mentor pour la simple raison qu’elle ne lui pardonne toujours pas sa trahison. Elle formera un groupe de mutants qui ne sont ni pour les X-men ni pour la Confrérie.
Pour ce qui est de Magnéto, le vieil homme retrouvera Pyro qui pendant ces mois passés s’était occupé de rassembler des mutants pour reformer la confrérie.
Du côté de l’Institut Charles Xavier, Logan retrouve un corps sans vie et à quelques mètres de sa tombe, celui de Jean Grey. L’entité aurait visiblement quitté la jeune femme. Mais cela n’empêche pas de faire frémir de nombreuses personnes. La belle mutante rousse dort paisiblement dans sa chambre sous surveillance maternelle de son amie : Tornade.
Pour ceux qui ne sont pas encore au courant, Ororo Munroe est la directrice de l’Institut depuis la mort de son fondateur. Et ce même si le Professeur X est de retour ! Oui, le vieil homme revient. Rappelez-vous, quand il faisait cours à ses élèves, il avait parlé d’un corps sans âme ni conscience. Il savait déjà qu’il allait mourir, Charles Xavier en avait même parlé implicitement à Tornade. Ce corps lui était destiné. Un corps entièrement humain et qui lui permet de marcher. Il n’a donc aucun pouvoir. Mais pour combien de temps ?
Même Scott que l’on croyait mort, tué par Jean Grey, revient. Et en pleine forme. Durant tout ce temps où ses compagnons se battaient, lui il était sur le chemin du retour les yeux fermés.
Tout semble paisible sur la planète Terre. Mais ce n’est qu’une apparence car dans un laboratoire caché, un homme effectue des expériences. Avec l’ADN de quelques mutants comme Logan, Jean Grey et Magnéto, il tente de constituer une armée de mutants chasseurs de mutants. Malheureusement, un de ses clones s’échappa et se retrouva entre les mains des X-men. La jeune femme n’ayant pas de mémoire, ne pouvait pas les aider à répondre sur ses ressemblances avec Wolverine. Mais ce qui était sûr, c’est qu’à un moment ou un autre, les anti-mutants allaient faire surface et s’en prendre autant aux Confréristes qu’aux X-men.